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科研进展/ Research Progress
王任小课题组J Chem Inf Model杂志封面文章:预测蛋白结合口袋水合位点和去溶剂化能的实用化工具-HydraMap v.2
水分子在蛋白-配体结合中的重要性已为研究者们广泛接受。通过对关键水分子的分析可以帮助人们理解一些“反常”的结构-活性关系,指导先导化合物的优化设计。传统基于分子动力学模拟或蒙特卡洛模拟的方法虽然有较高的精度,但是计算非常耗时,且流程复杂,不易于实用化推广。亚 博取款快速到账王任小课题组在前期工作中开发了一种经验方法HydraMap。该方法基于统计势预测蛋白结合口袋中的水合位点和计算去溶剂化能,因而在计算精度和速度之间实现合理平衡。近期,课题组对该方法做了重要改进,推出了加强版HydraMap v.2,相关工作以“HydraMap v.2: Prediction of Hydration Sites and Desolvation Energy with Refined Statistical Potentials”为封面文章发表于美国化学会旗下计算化学权威杂志J. Chem. Inf. Model上。图-1 JCIM杂志封面和HydraMap v.2工作流程图该研究工作中利用分子动力学模拟技术构建了近10000个有机小分子的溶剂化模型,并在此基础上推导出评价配体-水分子相互作用的统计势。同
2023-09-12
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